该剧改编自马伯庸的同名小说，算学天才帅家默（张若昀 饰）因一次偶然，发现仁华县税赋账册一个长达百年的赋税错误，开启了纠错证实之路。百姓、官员、乡绅，不同阵营因丝绢案牵扯在一起，纠葛不断，相互斗法。
清朝末年，腐朽的清政府对人民征收沉重的赋税，人民民不聊生。山东堂邑县农民宋景诗举行了抗捐起义的大旗，他领导的黑旗军与白莲教、捻军并肩作战。恶霸地主杨鸣谦、王二香派手下王占鳌带领柳林团向黑旗军发动了进攻，清军将领胜保也在围剿黑旗军，一时，黑旗军危机四起。宋景诗为了保存战斗实力，向清军诈降。
12世纪，日本贵族和僧侣拥有大片土地，并免除赋税，而国内经济如大厦将倾，岌岌可危。京都秩序一片混乱，地方灾难频发，暴动四起。占据统治地位的藤原家族日临西山，业已逊位白河天皇从寺院复出，重新掌权。日本从此一空两日，陷入分裂。武士和僧人之间的冲突日渐加剧。