《神兽金刚之青龙再现》延续《神兽金刚》系列动画的故事背景，讲述了神兽战队为保卫地球，与外星球黑暗势力咒冥帝作战的故事。一直觊觎地球水资源的咒冥帝，召唤出地球上的远古巨兽——肥遗兽，发动了更大规模的掠夺攻势，但神兽战队的5位成员，青龙超人叶辉、麒麟超人林聪、白虎超人张力、 朱雀超人赵燕和玄武超人陈锋各显神通，开始了新一轮战斗。
自称是驱魔大师的蒲大师靠着帮人驱魔除妖赚取钱财，但真实的他只是一个装神弄鬼的骗子，一次偶然的机会他得知镖师兄弟牛大胆的运镖货物是一个金佛，为了偷取金佛，蒲松龄找了个借口和他们一块上路。 一路上，蒲松龄认识了伏妖学徒贾小宝，更误打误撞打跑了一群扮僵尸的盗贼团伙，正当这个时候，他们遇上了真正的妖怪。
在台湾基隆港东北220公里处的海面上，一艘装载着核卫星导航装置的舰艇离奇失踪，经过调查确定他被一个名叫信（张东健饰）为首的海盗团伙夺取。在1983 年，年幼的信跟随全家人从北朝鲜逃往韩国寻求政治庇护，却被韩国政府拒之门外，除信和姐姐明珠（李美妍饰）得以逃生之外，其他人员均遭杀害。姐弟二人自此失去了联系，后来信成为海盗，对韩国的仇恨与日俱增，最终引发了现在的挟制核舰艇事件。