西暦1988年。人類は謎のUFO群の襲来により危機に瀕していた。人類の存亡をかけ、南海の秘密基地で建造されていた国連宇宙防衛艦・轟天は発進する。侵略者の正体は、太陽系から2万2千光年離れたメシエ13と呼ばれる球状星団・恒星ヨミの第三惑星人だった。彼らは年老いた母星そっくりの地球を征服すべく、指揮官ヘルのもとに金星に侵略の前線基地を築いていた。敵ヘルファイターとの激しい戦闘をくり返し、金星に向かう轟天。しかし、その前に敵の超努級戦艦・大魔艦が立ちふさがる……。
小松左京の同名SF小説を原作に、超能力を持つ諜報員・エスパイたちの活躍を描く。当時の技術で、果敢に超能力を表現しようとする試みが光る。田村、マリア、三木の3人は、国連の秘密組織’“エスパイ”で働いていた。エスパイとは、超能力を悪用する逆エスパイと戦うための超能力者を養成する機関である。やがて、東西冷戦の要・バルトニアの首相暗殺計画をめぐって3人の活躍が始まる……。
南海のゾルゲル島を舞台にゴジラの息子ミニラが初登場し、怪獣カマキラスやクモンガと対決する。この作品から特技監督が名匠・円谷英二から弟子の有島貞昌にバトン・タッチされた。ゴジラとミニラの親子の愛情がしっかり描き込まれている。
海底王国的人因不满人类的核武试爆干扰他们，因而派出梅加洛毁灭地上世界，并且控制了人造机器人喷射积格坐向导，不过人类终究夺回了喷射积格的控制权，并且通知了哥吉拉来消灭这只怪兽，没想到海底人连络了外星人，外星人派出盖刚，演变成一场二对二的怪兽大战。