《逆流而上》讲述了1932年，国民党反动派对苏区及各根据地发动围剿，我党在上海的地下斗争进入白热化。为了支援根据地艰苦的反围剿战斗，上海地下的同志劫走日本驻军四吨黄金。日军向国民党党务调查科上海站施压，要求三天内必须追回黄金。同时，调查科意外获悉，共产党将向上海地下派遣新的负责人，会在三天后与潜伏在调查科的地下党接洽。他们将要在三天内，追回黄金，围剿中共地下党，中共地下党们该如何应对这场战斗呢？
1927年，我地下党员钱壮飞化装成医生，离开北平，转移到上海。 钱壮飞一家到了上海以后，他本人与党失去了联系。此时，他却获得了同乡、国民党中央秘书科陈立夫的表弟徐恩曾的赏识。徐邀请钱壮飞加入中央党务调查科。不久，钱壮飞与组织取得了联系。中央批准了钱壮飞要求打入敌人内部长期潜伏的计划。 在国民党的秘密机构，钱壮飞逐步取得了徐恩曾的信任，破译了重要的密报，成功地瓦解了由于顾顺章叛变导致的国民党队上海地下组织的突袭，自己也安全的撤离了上海，前往中央苏区参加红军。