担任临时教师的君岛穗香(涩谷凪咲)，目击了一个女学生从屋顶跳下的瞬间。当她在暑假补习班上课时，又注意到有个不应该存在的学生。不久后，穗香与补习班的三浦瞳(早濑憩)、前川武(山时聪真)等学生们，得知了与那个女学生有关的令人震惊的事实。
少年牧真人（山时聪真 配音）的母亲葬身火海后，他随父亲牧胜一（木村拓哉 配音）与继母夏子（木村佳乃 配音）组成新家庭。深陷悲伤的真人阴郁孤僻，难以融入新环境。一次意外，他跟随一只会说话的苍鹭（菅田将晖 配音）闯入废弃的神秘塔楼，却不料进入了奇幻的“亡灵世界”，开始了一场不可思议的冒险…… 影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名小说，但电影故事由宫崎骏原创。