汤姆和杰瑞乘太空飞船到达火星。他们碰见火星居民并得知，火星人要侵略地球，“Invincitron”援助，一个真空挥动的巨型机器人。于是汤姆，杰瑞和他们的火星盟友开始保护地球！
赛菲罗斯的事件已经过去2年了，人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍，但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德，却过着与世隔绝的生活。 但是，神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法•洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时，眼前这个人，只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。 以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前，文森特不得不再次挥动双枪，保护大家。而世界的英雄，克劳德，能否再次振作，守护这个世界呢？
一场宇宙风暴带来了物种的变异。城市中的毒尸巨怪，挥动着战斧咆哮。丛林中的异兽们，争夺着领地的主权。人类也觉醒了一种名为星力的异能……没有星力的周正穿越到这个末世。利用游戏中盗贼的角色能力，他将撕毁黑暗迷雾，追逐至高的力量。